Oratione detta dal padre D. Stefano Pepe de' Cherici Regolari nella morte d'Annibale d'Afflitto arcivescovo di Reggio, Napoli, per Ottavio Beltrano, 1638 (SBN)
De' sermoni del padre don Stefano Pepe chierico regolare sopra le figure del Purgatorio
Parte prima, Napoli, nella stampa di Nucci, 1643 (SBN)
Parte seconda, Milano, ad instanza di Francesco Mognaga, 1644 (SBN, GB)
Sacri privilegi della citta di Messina, oratione sopra la lettera che scrisse Maria Vergine a' messinesi, Messina, per gli heredi di Pietro Brea, 1648 (SBN)
De' sermoni del padre d. Stefano Pepe chierico regolare sopra le figure del Purgatorio dell'antico, e nuovo testamento
Vita della B. Chiara degli Agolanti, ariminese, fondatrice delle suore de gli Angeli, Monaco, 1661 (SBN, GB)
Istoria e maraviglie della beata Vergine d'Etinga in Baviera (detta Loreto della Germania), Monaco, appresso Giovanni Iekelino Stampator Elettorale, 1664 (GB)